Untuk dapat mengetahui Sejarah Desa Mukti Jaya, sesuai dengan Penuturan Para Sesepuh Desa secara langsung maupun tidak langsung yang ikut dalam pembentukan berdirinya Desa Mukti Jaya. Pada masa awal pindahnya penduduk melalui program dari Pemerintah pada masa Presiden Republik Indonesia yang kedua yaitu Bapak Suharto, melakukan program pemerataan penduduk, yang mana tanah di Kalimantan yang masih luas dan penduduk masih sedikit dibanding dengan luasan tanah yang ada. Maka Pemerintah melalui Departemen Transmigrasi membuka pendaftaran dari beberapa Kepala Keluarga yang berasal dari Jawa untuk dipindahkan ke Pulau Kalimantan. Awal mula datangnya penduduk Trasmigrasi umum dan Transmigrasi Lokal yang merupakan program dari Pemerintah dengan tujuan yaitu ke Propinsi Kalimantan Timur Kabupaten Kutai Kecamatan Sangatta. Perpindahan penduduk yang berasal dari Pulau Jawa, Sulawesi, NTB, NTT dll. Penduduk yang pindah ke Propinsi Kalimantan Timur, yang merupakan penduduk yang dikirim melalui Transmigrasi Umum dan lokal pada tahun 1992. Pertama Jumlah Kepala Keluarga yang datang melaui Transmigrasi Umum berjumlah 72 KK datang pada Hari Sabtu tanggal 15 Februari 1992. Kelompok yang datang pertama berasal dari Propinsi Jawa Timur. Dan Kemudian disusul Transmigrasi Umum dari Propinsi Jawa Tengah dan Propinsi Jawa Barat. Sebelumnya berdirinya Desa Mukti Jaya awalnya berupa Hutan Belantara yang dibuka oleh Pemerintah melalui Departemen Transmigrasi. Setelah melalui pembukaan hutan oleh Departemen Transmigrasi tersebut awalnya bernama Rantau Palung yang termasuk salah satu pemukiman yang ada di Bengalon. Nama Rantau Palung ahkirnya sama orang transmigrasi yang mayoritas adalah dari suku Jawa memberi nama dan menyempurnakan menjadi Rantau Pulung. Nama daerah pemukiman warga trasmigrasi yang bermukim di Rantau Pulung mulai berbenah dan menata daerah pemukiman warga trasmigrasi dengan mengelompok menjadi beberapa Satuan Pemukiman atau lebih mudah dikenal dan dihapal sampai sekarang dengan sebutan SP atau Satuan Pemukiman yang terdiri dari SP1 sampai SP 8 dengan satu wilayah atau daerah yang disebut Rantau Pulung.
Berawal dari Kelompok Satuan Pemukiman (SP) yang berada di daerah transmigrasi Rantau Pulung. Maka Desa Mukti Jaya awalnya mendapat nama atau sebutan Rantau Pulung III (tiga) atau Satuan Pemukiman/SP 3 (Tiga). Nama Rantau Pulung 3 atau Satuan Pemukiman 3 (tiga) sampai sekarang bagi warga asli transmigrasi umum dan lokal serta sebagian pendatang masih menyebut nama Satuan Pemukiman/SP 3 (tiga) dan istilah itu lebih popular ditelinga masyarakat dengan sebutan SP 3.
Penduduk transmigrasi umum dan lokal yang bermukim di Rantau Pulung 3/SP 3 awalnya dihuni oleh masyarakat yang berasal dari Suku Jawa terdiri dari warga Propinsi Jawa Timur, Jawa Barat dan Jawa Tengah. Seiring berjalannya waktu ada tambahan warga pendatang yang melalui trasmigrasi lokal dari Suku Kutai, Banjar, Sulawesi, NTB dan NTT dll.
Pada saat warga transmigrasi yang bermukim di Rantau Pulung III atau SP 3 awalnya dipimpin oleh Kepala Urusan Pelaksana Transmigrasi atau disingkat dengan KUPT di Satuan Pemukiman/SP 3. Jumlah Kepala Keluarga berjumlah 390 KK, Pada waktu itu KUPT di Satuan Pemukiman/SP 3 adalah Bapak Sulino Masa kepemimpinan KUPT pada masa Transmigrasi berjalan selama 10 Bulan di tahun 1992.
Sebelum terbentuknya Desa Mukti Jaya pada masa kepemimpinan KUPT dari Departemen Transmigrasi Propinsi Kalimantan Timur yang semasa KUPT Bapak Sulino, warga atau penduduk Transmigrasi di SP 3 mulai berbenah diri dengan sering mengadakan rapat atau musyawarah dengan membentuk LKMD atau Lembaga Kemasyarakatan Desa. Melalui LKMD warga yang bermukim di SP 3 mengusulkan ke kantor wilayah Kecamatan Sangatta untuk diusulkan menjadi sebuah Desa. Akhirnya melalui musyawarah dan rapat dari beberapa elemen masyarakat sepakat mengajukan nama Satuan Pemukiman/SP 3 diusulkan menjadi sebuah desa yang diakui di Pemerintah Kabupaten Kutai melalui kantor wilayah Kecamatan Sangatta. Usulan untuk menjadi Desa akhirnya disepakati melalui Musyarah dari beberapa elemen masyarakat menjadi dan berbentuk sebuah Desa. Maka padah hari …. Tanggal …. Bulan …….Tahun ……, sebelumnya nama Rantau Pulung III atau Satuan Pemukiman/SP 3, telah terbentuk dan diberi atau mendapat sebutan Nama “Desa MUKTI JAYA”, Kecamatan Sangatta Kabupaten Kutai Propinsi Kalimantan Timur, sedangkan Pejabat Sementara (Pjs) yang ditunjuk pertama kali dari Tokoh masyarakat yang berasal dari warga Transmigrasi Umum bernama Bapak Kaslan.
Pada awalnya Desa Mukti Jaya terbentuk dari program Pemerintah Pusat melalui Departemen Transmigrasi. Pada Tanggal 2 Bulan Februari Tahun 1992 penempatan pertama Transmigrasi lokal Kecamatan Sangatta. Setelah itu, beberapa hari kemudian, pada tanggal 09 Februari 1992 menyusul Transmigrasi Umum tahap 1 dari Propinsi Jawa Timur, Porpinsi Jawa Tengah, dan Provinsi Jawa Barat. Kemudian disusul Transmigrasi Umum tahap II dari Propinsi Jawa Timur, Porpinsi Jawa Tengah, dan Provinsi Jawa Barat. Nama Desa Mukti Jaya sendiri ditetapkan dengan melalui musyawarah desa yang pertama kali dilakukan yaitu pada bulan Oktober 1992. Dari musyawarah itu juga ditetapkan Pj (pejabat sementara) Kepala Desa, yang pertama kali menjabat sebagai Pejabat Sementara adalah Bapak Kaslan. Desa Mukti Jaya pada awal mula terbentuknya Desa, dibagi menjadi dua dusun, yaitu Dusun I (Satu) diberi Nama Masalap Ilir dan Dusun 2 (dua) diberi Nama Masalap Ulu dengan jumlah Rukun Tentangga (RT) sebanyak 15 RT. Masa Kepemimpinan Pejabat Kepala Desa pertama kali menjabat selama 2 tahun.
Kemudian pada tahun 1994 Desa Mukti Jaya berubah status menjadi desa Definitif dengan Nama Desa Mukti Jaya Kecamatan Sangata Kabupaten Kutai, sedangkan Kepala Desa dipilih melalui pemilihan langsung secara demokrasi. Pertama kali Desa Mukti Jaya melakukan Pemelihan secara langsung Kepala Desa. Kepala Desa terpilih yaitu bapak Miserianto. Masa Jabatan Kepala Desa Definitif mulai tahun 1994 sampai dengan tahun 2001 menjadi kepala desa. Beliau menjabat selama 8 tahun. Pada saat Masa Kepempinan Kepala Definitif pertama kali yaitu Bapak Miserianto, Desa Mukti Jaya dibagi menjadi 3 dusun yaitu Dusun Masalap Ilir, Masalap Ulu, dan dusun Km 40 (base camp PT Prodisa) dengan jumlah keseluruhan Rukun Tentangga (RT) berjumlah 18 RT. Pada masa Kepala Desa pertama kali dipilih yaitu Bapak Miserianto, sumber mata pencaharian masyarakat Desa Mukti Jaya Kecamatan Sangatta Kabupaten Kutai, sebagian besar bercocok tanam padi Gunung dan petani Palwija, sedangkan mata pencaharian tambahan adalah menjadi buruh panggul kayu baik usaha milik perseorangan mau milik perusahaan.
Selepas kepemimpinan Bapak Miserianto yang berakhir pada tahun 2001, Desa Mukti Jaya melakukan Pemilihan kembali Kepala Desa Definitif yang kedua. Dalam pemilihan Kepala Desa langsung yang dipilih secara demokrasi dan Kepala Desa terpilih yaitu Bapak Philipus Patasik, sebagai kepala desa yang terpilih kedua secara definitif, dengan masa jabatan selama 5 tahun yaitu mulai tanggal 27 Oktober 2001 sampai dengan tanggal 27 bulan Oktober 2007 Pada masa kepemimpinan Bapak Philipus Patasik, terjadi perubahan pembagian wilayah, yang semulah 18 RT berkurang menjadi 16 RT dan semula 3 dusun berkurang menjadi 2 dusun, kembali seperti awal mula terbentuknya desa yaitu Dusun Masalap Ilir dan Dusun Masalap Ulu. Masa jabatan Bapak Philipus Patasik berakhir pada tanggal 27 Oktober 2007. Pada tahun bulan Oktober – November tahun 2007 terjadi pemilihan Kepala Desa secara definitife yang ke tiga kalinya, dengan kepala desa terpilh adalah bapak Supriani. Seiring dengan berjalannya waktu tingkat pertumbuhan Penduduk bertambah padat, penduduk di Desa Mukti Jaya, maka wilayahnya diperluas menjadi 20 RT yang terbagi dalam 2 dusun. Dan Pada tahun 2014 pemilihan Kepala Desa yang keempat kalinya dengan Kepala Desa terpilih bapak Sahabuddin dengan perkembangan penduduk yang semakin padat dan dengan adanya perusahaan sawit maka wilayah kerja diperluas menjadi 22 RT dengan Lima dusun yaitu Dusun I dan Dusun II ( Masalap Ilir ), Dusun III dan Dusun IV ( Masalap Ulu ) dan Dusun V / Km. 28. Dusun Km. 28 berada diwilayah Perusahaan Perkebunan Kelapa Sawit, terbentuk dengan 3 RT yaitu RT 16, RT 21 dan RT 22.
Mata pencaharian penduduk Desa Mukti Jaya sebagian besar adalah petani dan pekebun, sehingga tingkat penghasilan mulai meningkat, Hal Ini terjadi karena mereka dapat memasarkan hasil pertanian dan perkebunan mereka keluar dari Desa Mukti Jaya ini terjadi karena akses jalan menuju kabupaten dan perkotaan mulai membai.
Dari segi pendidikan masyarakat Desa Mukti Jaya sudah memiliki 1 PAUD, 1 TK, 1 SD, 2 SMP, dan 1 SMA, serta beberapa TK/TPA, dengan sarana pendidikan yang ada, potensi Desa Mukti Jaya dalam rangka mencerdaskan generasi penerus yang nantinya akan menjadi asset dalam membangun Desa Mukti Jaya yang lebih baik pada masa yang akan datang.
Pada masa transisi dari Pilkades Serentak di Kabupaten Kutai Timur, maka Jabatan Kepala Desa di jabat oleh Muhammad Rifa’i selaku Pejabat Kepala Desa selama 2 tahun. Pada masa kepemimpinan Pj. Kepala Desa terjadi wabah pandemi global yaitu penyebaran Covid-19, Jadi sebagian besar dana anggaran dari DD dan ADD dialokasikan untuk penanganan keadaan darurat dan ketehanan pangan di masa pandemi.
Ahkir masa Jabatan Pj. Kepala Desa berakhir pada tanggal 29 November 2021 setelah Kepala Desa Defitnit terpilih dan diangkat Kepala Desa baru oleh Bupati Kutai Timur dengan masa periode 2021 - 2027 dijabat oleh Bapak Sukardi. B.
Bapak Sukardi.B Meninggal Dunia pada tanggal 12 Maret 2024 karena Sakit yang tidak termasuk penyakit menular dan untuk mengisi kekosongan jabatan dilanjutkan oleh Plt.Kepala Desa Bapak Giyoto yang berasal dari unsur Kecamatan terhitung sejak tanggal 24 Maret 2024 sampai dengan dilantiknya Kepala Desa Antar Waktu.